国家卫生健康委员会微生物药物生物技术重点实验室成立于1986年，当时名称为卫生部抗菌素生物工程重点实验室，2024年2月为适应学科发展更为现名。重点实验室第一届实验室主任为李焕娄研究员，历任主任为李元研究员和邵荣光研究员。重点实验室现任主任为车永胜教授。

　　重点实验室自成立之初在国内较早开展了对抗生素的基因工程改造与研发，在该领域一直处于国内领先地位。随着药物生物技术的发展，重点实验室研究领域逐渐扩展，包括抗生素生物工程、代谢工程和合成生物学研究，以及生物技术在创新抗肿瘤、抗感染和心血管药物等的发现、研发和创制中的应用，努力将生物技术应用于新药研发的各个阶段，全面提升我所的新药研发能力。

　　重点实验室重点针对我所发现的、具有我国自主知识产权的微生物药物（如创新霉素、力达霉素、依博素等）开展生物合成和调控机制研究，在此基础上建立与完善微生物药物合成生物技术体系，支撑创新药物的发现、研发和创制。在国家重大专项及企业早期风险投资支持下利用生物技术创制的可利霉素在2019年获得国家一类新药证书（国药准字H20190029）。另一方面，重点实验室将生物技术应用于新型抗感染、抗肿瘤、抗炎和抗动脉粥样硬化药物发现，通过针对新靶点、高通量的新药筛选，获得了多个新结构、新活性化合物，进行深入的分子作用机制研究、新靶标发现和成药性研究，推动创新药物研发。

　　重点实验室现有研究员24人，副研究员12人，助理研究员23人，包括中国工程院院士1人，享受国务院特贴3人，长江学者1人，杰青2人，优青5人，构建了一支学科优势互补、年龄构成合理的科学研究队伍。

　　重点实验室是医药生物技术研究所微生物与生化药学重点学科（教育部）的重要组成部分，是国家培养微生物药物研究领域高级专业人才的重要基地之一，为我国的微生物药物研究等领域输送了一大批高级专业人才。

　　重点实验室自成立以来始终聚焦服务国家重大战略需求，坚守微生物药物创新研究方向，追求卓越发展，立足国内领先，力争国际一流，为我国医疗卫生健康事业的发展作出了积极贡献。