国家新药（微生物）筛选实验室（北京）是1998年7月经国家科技部正式批准立项建立的五个国家级新药筛选实验室（中心）之一，是国家新药研究与产业开发“1035”工程的一个重要组成部分，实验室于2000年11月以优秀成绩通过科技部组织的专家组验收。实验室成立时，甄永苏院士为主任，张月琴教授、司书毅教授为副主任，蒋建东教授作为所领导曾分管该室。现任主任是司书毅研究员。

实验室获得国家十五重大专项“创新药物与中药现代化”中“创新性抗感染抗炎药物高效筛选技术平台研究与应用”、十一五国家重大专项“重大新药创制”中“创新微生物药物高效筛选与发现技术平台”课题，以及“重大传染病防治”重大专项中“结核药靶”课题的资助，其中“创新性抗感染抗炎药物高效筛选技术平台研究与应用”被专家验收组评为优秀而被滚动支持。实验室经过20年的奋发努力和三期国家重大专项的资助支持，现已经建成国家微生物药物筛选资源库和创新微生物药物筛选体系，其中已累计制备微生物发酵产物提取品78000多份，入库天然与合成化合物纯品22.8万个，新建基于分子及细胞的高通量及高内涵药物筛选模型200多个，实现规模化药物筛选700多万样次，并获得一批优良的抗病毒、抗耐药细菌及结核杆菌、抗动脉粥样硬化及代谢综合征药物候选物，为我国创新微生物药物研发打下优良物质基础。

国家新药（微生物）筛选实验室核心实验室现有工作人员共17人，其中研究员3人，副研究员4名，助理研究员6名；在读博士生硕士生15人。本实验室已毕业博士生40多名，已在E Heart J、PNAS、ATVB、Engineering等国际权威杂志累计发表SCI论文80多篇，获得授权发明专利30多项。