病毒研究室创建于1958年，是我国抗病毒药物研究的主要基地。陈鸿珊研究员、陶佩珍研究员、蒋建东研究员先后担任室主任。60多年以来建立了50余种体内外抗病毒药物研发模型，包括抗乙肝、丙肝、呼吸道、肠道、疱疹等病毒在内的系统规范的临床前药效评价平台，并为国内外药企、研究所、高校提供了抗病毒药物药效评价210余个，涵盖我国大部分临床应用的抗病毒药物。曾受国家新药审评办公室和中国药理学会委托，撰写制订了抗病毒药物药效学指导原则。近年来还拓展了代谢相关疾病的药物发现。

先后承担多项863、973、科技攻关、国家科技支撑、“重大新药创制”科技专项项目，国家自然科学基金（创新群体、杰青、优青、重点、国际合作、面上和青年）等课题，主持了“全球重大卫生挑战计划” （美国NIH/比尔盖兹基金会）、科技部国际合作等多个项目，并与美国和瑞典等国的多个药企、研究基金和研究单位建立了良好的合作关系。形成了克服病毒耐药和代谢疾病等问题的成果并用于临床实践。近年来以责任作者在Nat Med、Hepatology、PNAS等国际著名期刊上发表SCI论文近百篇，临床阶段在研新药三个；获中国发明和PCT专利20余项，获得国家科技进步二等奖、国家自然科学二等奖、吴杨药学一等奖、德彪中国一等奖等各级奖励20多项。

现有包括国家基金委创新群体负责人、杰青、长江学者、G20国家抗耐药感染合作组织中国首席代表、WHO抗耐药菌委员会的中方联系专家、优青，国家“万人计划”科技创新领军人才和青年拔尖人才、科技部中青年科技创新领军人才、教育部新世纪优秀人才、北京市科技新星及研究人员、技术员、研究生在内的专业梯队。

病毒研究室的目标是发现新药并推向临床以及发表重要文章、培养优秀人才，服务于新药研发。

病毒研究室现有四个课题组：蒋建东课题组，彭宗根课题组，李玉环课题组，李珂课题组。