生物工程研究室
随着医药生物技术的兴起，1985年在生化室基因工程研究组的基础上正式成立了生物工程室，第一届室主任是李焕娄研究员，历任室主任为李元研究员和洪斌研究员。1986年在生物工程室的基础上建立了卫生部抗菌素生物工程重点实验室（即现卫健委抗生素生物工程重点实验室）。
生物工程室从成立之初就以有实用价值的抗生素为切入点，在国内较早开展了基因工程抗生素的研究。针对我所发现的、具有我国自主知识产权的微生物药物（如力达霉素、依博素、三三霉素、创新霉素等）开展生物合成和调控机制的解析，在此基础上进行合成生物学和代谢工程研究，为创新微生物药物的研发提供了支持和保障。同时，将生物技术应用于新型抗炎和抗动脉粥样硬化等药物高通量筛选模型的构建，通过大规模筛选获得了多个新结构、新活性化合物，并进一步深入研究其分子作用机制。在新药研发方面，新型抗炎药物微生物多糖依博素完成了临床前研究。
生物工程室始终致力于微生物药物的生物合成和作用机制的深入研究，对微生物药物研发的关键技术进行探索和创新，服务于国家对肿瘤、传染病、心血管疾病等重大疾病的创新药物的需求；培养了一批微生物药学博士和硕士，为我国微生物药物研发领域输送了一批高级专业人才。